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这篇文章给大家分享的是有关如何利用ggplot2进行火山图的绘制的内容。小编觉得挺实用的,因此分享给大家做个参考,一起跟随小编过来看看吧。
利用ggplot2进行火山图的绘制
ggplot2包绘制火山图
加载R包以及案例数据temp1
library('ggplot2') head(temp1,10) -log10FDR logFC Regulate 64170 1.971938 -2.2884388 Down 6674 1.864104 -1.2460804 Down 7401 1.864104 1.2950939 Up 57217 1.864104 -1.2676311 Down 50613 1.801074 1.6640064 Up 3433 1.801074 4.2696415 Up 54830 1.801074 -1.9012811 Down 54886 1.801074 -1.5446208 Down 6355 1.801074 1.4273926 Up 338324 1.801074 0.9592775 Normal
数据解释: 数据框temp1,行名为GeneID,第一列为-log10FDR,数据愈大,该基因变化为显著,第二列为logFC,实际表示log2FC,为差异变化倍数,第三列为上下调信息,基于第一列和第二列的信息的阈值进行筛选获得,需要给这一列信息进行设置,设置为有序因子,方便后续图片颜色设置
temp1$Regulate=factor(temp1$Regulate, levels=c("Up","Down","Normal"), order=T)
绘图,绘制成点图
P_volcano=ggplot(temp1,aes(x=temp1$logFC,y=temp1[,"-log10FDR"]))+ geom_point(aes(color=temp1$Regulate))+ #设置点的颜色 scale_color_manual(values =c("Up" = "red", "Down" = "blue", "Normal" = "grey"))+ labs(x="log2FC",y="-log10FDR")+ #增加阈值线:分别对应FDR=0.05,|log2FC|=1 geom_hline(yintercept=-log10(0.05),linetype=4)+ geom_vline(xintercept=c(-1,1),linetype=4)+ xlim(-5,5)+ theme(plot.title = element_text(size = 25,face = "bold", vjust = 0.5, hjust = 0.5), legend.title = element_blank(), legend.text = element_text(size = 18, face = "bold"), legend.position = 'right', legend.key.size=unit(0.8,'cm'), axis.ticks.x=element_blank(), axis.text.x=element_text(size = 15,face = "bold", vjust = 0.5, hjust = 0.5), axis.text.y=element_text(size = 15,face = "bold", vjust = 0.5, hjust = 0.5), axis.title.x = element_text(size = 20,face = "bold", vjust = 0.5, hjust = 0.5), axis.title.y = element_text(size = 20,face = "bold", vjust = 0.5, hjust = 0.5), panel.background = element_rect(fill = "transparent",colour = "black"), panel.grid.minor = element_blank(), panel.grid.major = element_blank(), plot.background = element_rect(fill = "transparent",colour = "black")) P_volcano
感谢各位的阅读!关于“如何利用ggplot2进行火山图的绘制”这篇文章就分享到这里了,希望以上内容可以对大家有一定的帮助,让大家可以学到更多知识,如果觉得文章不错,可以把它分享出去让更多的人看到吧!
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