LAMP架构中，Apache的默认Prefork工作模式（多进程单线程）会因大量并发请求导致进程数激增，消耗过多内存（每个进程占用约10-20MB内存），甚至引发服务器负载过高。此外，MySQL数据库若未优化索引、查询语句或内存配置，易成为性能短板（如慢查询、锁表），而PHP的动态解析特性也会增加服务器负担（尤其是未启用OpCode缓存时）。即使通过调整工作模式（如切换至Worker/Event模式）或优化参数缓解，仍无法完全匹配Nginx等轻量级Web服务器的高并发处理能力。
Ubuntu LAMP的默认配置并非完全安全：Apache的目录列表、危险模块（如autoindex、cgi）可能暴露敏感信息；MySQL的空口令root用户、默认管理员账号（root@localhost）易被暴力破解；PHP的危险函数（如eval、exec、system）可能被恶意利用执行任意代码。此外，未定期更新系统和软件包会导致已知漏洞未修复，增加被攻击风险（如Ubuntu 23.10/24.04曾曝出用户命名空间绕过漏洞）。
LAMP架构的各组件（Apache、MySQL、PHP）需保持版本兼容性（如PHP 8.x可能与旧版MySQL 5.7存在语法或功能冲突），升级时需逐一测试，否则可能导致网站无法正常运行。此外，源码安装（如Apache、MySQL）虽能提升性能，但需手动解决依赖关系（如apr、apr-util、pcre），并配置环境变量，过程繁琐且易出错（如依赖缺失导致编译失败）。
LAMP架构的组件（尤其是Apache和MySQL）对系统资源（CPU、内存、磁盘）消耗较大：Apache的Prefork模式每个进程占用较多内存，MySQL的内存配置（如innodb_buffer_pool_size）需根据数据量调整，PHP的动态解析也会占用CPU资源。对于1GB内存以下的低配服务器（如入门级VPS），LAMP可能导致资源耗尽，网站响应缓慢甚至崩溃，相比之下，LNMP（Nginx+MySQL+PHP）架构的资源占用更低。
Apache的mod_php模块将PHP作为Web服务器的模块运行，虽能简化配置，但无法充分利用多核CPU（每个请求由单个进程处理），且与Apache的耦合度高，升级PHP版本时需重新编译Apache。此外，LAMP对静态内容（如图片、CSS、JS）的处理效率低于Nginx（Nginx采用事件驱动模型，内存占用少、并发能力强），若网站包含大量静态资源，LAMP的性能优势不明显。