在Debian系统上优化MongoDB查询速度可以通过多种方法实现，主要包括以下几个方面：
创建合适的索引：为经常用于查询的字段创建索引，可以显著提高查询速度。例如，如果你经常根据 username 查询用户，可以为 username 字段创建索引：
db.users.createIndex({ username: 1 });
避免过度索引：虽然索引有助于提高查询性能，但过多的索引可能会导致插入、更新和删除操作的性能下降。因此，在创建索引时要权衡好利弊。
使用覆盖索引：覆盖索引是指索引包含了查询所需的所有字段，这样查询时无需访问实际文档。这可以减少查询时间和提高性能。
优化查询语句：避免使用复杂的查询语句和子查询，尽量使用简单的查询条件和投影操作。此外，还可以利用MongoDB的聚合框架来进行复杂的数据处理和转换。
使用投影：只返回需要的字段，而不是整个文档。使用投影参数可以减少数据传输量和内存占用。
分页查询：如果查询结果集很大，可以使用 skip() 和 limit() 方法进行分页，减少每次查询的数据量。
使用SSD：固态硬盘（SSD）相比机械硬盘具有更快的读写速度，尤其是在随机读写方面，使用SSD可以显著提升数据库的性能。
调整内存分配：根据服务器的内存容量和其他应用程序的需求，合理设置MongoDB的缓存大小。
调整WiredTiger缓存：通过修改 storage.wiredTiger.engineConfig.cacheSizeGB 参数，可以设置WiredTiger存储引擎的缓存大小。
使用MongoDB的监控工具：如MongoDB自带的监控工具或第三方工具，实时监测数据库的性能指标。
分析慢查询日志：通过分析慢查询日志找出性能瓶颈，并进行相应的优化。
启用小文件模式：对于使用MMAPv1存储引擎的情况，可以通过设置 storage.mmapv1.smallFiles 为 true 来减少内存使用。
调整Swap使用：创建并合理配置Swap空间，以及调整 vm.swappiness 参数，可以在物理内存不足时，通过将部分内存数据移至磁盘来释放内存压力。
通过上述方法，可以有效地优化MongoDB在Debian系统上的查询性能。在进行任何优化操作之前，建议先在测试环境中验证优化效果，并根据实际情况进行调整。