在PHP用户认证中，MD5加密通常用于存储用户的密码。当用户注册账户或更改密码时，将用户输入的密码进行MD5加密后存储在数据库中。在用户登录时，系统会将用户输入的密码进行MD5加密后与数据库中存储的加密密码进行比对，以验证用户的身份。这样可以提高密码的安全性，因为MD5加密是不可逆的，即使数据库泄露也不会直接暴露用户的密码。然而需要注意的是，MD5虽然提供了一定的安全性，但已经被证明存在安全漏洞，建议使用更安全的哈希算法如SHA-256来替代MD5。