在MySQL中，JOIN子查询和内连接都是用来连接两个或多个表的查询方法，但它们有一些关键的区别：
JOIN子查询是将子查询的结果作为连接条件使用，而内连接是直接使用表之间的共同字段进行连接。
JOIN子查询可以在SELECT、FROM、WHERE等子句中使用，而内连接只能在FROM子句中使用。
JOIN子查询有时可以更灵活地进行条件过滤和筛选，而内连接则更简单明了。
在性能方面，JOIN子查询可能会比内连接稍慢一些，因为它需要执行子查询，然后再进行连接操作。
总的来说，JOIN子查询通常更适合在复杂的查询中使用，而内连接则更适合在简单的查询中使用。根据具体情况选择使用哪种连接方式可以更好地优化查询性能。