在PHP中，可以使用以下方法来验证、过滤和清理用户输入：
使用filter_var()函数：PHP内置的filter_var()函数可以根据指定的过滤器过滤输入数据，例如过滤邮箱、URL、整数等。可以使用filter_var()函数结合filter_input()函数进行输入验证和清理。
使用htmlspecialchars()函数：htmlspecialchars()函数可以将特殊字符转换为HTML实体，从而防止XSS攻击。
使用strip_tags()函数：strip_tags()函数可以去除字符串中的HTML和PHP标签，防止恶意代码注入。
使用preg_match()函数：preg_match()函数可以使用正则表达式对输入数据进行验证，例如验证邮箱格式、电话号码格式等。
使用trim()函数：trim()函数可以去除输入数据两端的空格，防止用户输入不必要的空格。
使用stripslashes()函数：stripslashes()函数可以去除输入数据中的反斜杠，防止用户恶意插入反斜杠造成的问题。
自定义过滤函数：可以根据具体需求自定义过滤函数，对输入数据进行进一步的验证和清理。
总的来说，结合以上方法，可以有效地进行输入验证和清理，提高网站的安全性和稳定性。