系统升级与兼容性问题
Ubuntu在系统升级过程中，部分用户会遇到兼容性问题，如界面卡顿、崩溃，甚至数据丢失或系统无法正常启动。这些问题主要源于升级脚本对新旧组件兼容性的处理不够完善，尤其是从非LTS版本升级到LTS版本时，风险更高。
Snaps包管理的强制推广与灵活性不足
Canonical对Snaps包管理系统的强制推广是用户不满的重要原因之一。Snaps的设计初衷是提升软件安全性和可维护性，但其自动更新的机制缺乏灵活性——用户无法轻松关闭特定软件的自动更新，且Snaps的安装包体积较大，导致系统存储压力增加。此外，部分用户反映Snaps应用的启动速度慢于传统.deb包。
桌面环境变革引发的争议（Unity与GNOME回归）
2011年，Ubuntu放弃广受欢迎的GNOME 2桌面环境，转而采用自行开发的Unity界面，这一决策引发了巨大争议。Unity的全局菜单、左侧启动器、HUD（平铺显示）等功能与传统桌面体验差异较大，初期性能消耗大且稳定性不足。许多用户认为这种变革背离了Linux桌面的传统习惯，强制改变用户操作逻辑。尽管Ubuntu在2017年回归GNOME桌面，但此前的强制推广已导致部分用户流失。
隐私争议事件（Amazon搜索集成与“Spyware”质疑）
Ubuntu 12.10至16.04版本中，Unity Dash（启动器搜索）集成了Amazon产品搜索功能。用户在本地搜索文件或应用时，搜索词会匿名发送到Canonical服务器，再转发至Amazon返回商品结果。这一设计被隐私倡导者批评为“Spyware”，认为其未经用户明确同意收集搜索数据。尽管后来Canonical提供了关闭该功能的选项，并在Ubuntu 16.04中默认移除，但此事件仍严重损害了Ubuntu的隐私形象。
性能与资源占用问题
部分用户反映，Ubuntu在虚拟机环境或低配置硬件中的性能表现不如Manjaro、Fedora等轻量级发行版。主要原因包括：Ubuntu默认启动的服务和守护进程较多（如蓝牙、打印服务等），消耗了大量系统资源；默认预装的办公软件、浏览器扩展等应用增加了不必要的负担，导致系统启动慢、运行卡顿。
竞争加剧与用户需求多样化
随着开源生态的发展，Fedora（侧重新技术支持与系统优化）、Manjaro（基于Arch Linux的精简与可定制性）、Pop OS（针对开发者的优化）等发行版不断进步，吸引了大量用户。这些发行版在性能、稳定性、个性化定制等方面各有优势，满足了用户多样化的需求，而Ubuntu的创新步伐相对放缓，导致其市场份额被逐步侵蚀。
细节设计与用户体验问题
Ubuntu在细节设计上的不一致也引发了用户吐槽。例如，Ubuntu 25.04版本中，默认主题Yaru对GTK4与GTK3应用程序的窗口控制按钮（最小化、最大化、关闭）采用了不同尺寸标准——GTK4应用的按钮明显小于GTK3应用，导致操作时难以准确点击，影响使用体验。此类细节问题虽小，但长期积累会降低用户对系统的满意度。