在Android开发中，当应用进入后台或者被其他页面覆盖时，会触发onPause()方法。在onPause()方法中可以处理一些应用被遮罩层覆盖的情况，但是无法完美处理遮罩层。因为当应用被遮罩层覆盖时，系统会调用onPause()方法暂停应用的运行，而无法直接响应遮罩层的操作。
为了更好地处理遮罩层的情况，可以在onPause()方法中保存应用的状态或者数据，并在onResume()方法中恢复状态或数据。同时，可以使用Activity的onWindowFocusChanged()方法来监听窗口焦点的变化，当窗口焦点变化时可以做一些处理，例如隐藏或显示遮罩层。
总的来说，虽然onPause()方法可以处理一些遮罩层的情况，但无法完美处理遮罩层。需要结合其他方法和技巧来更好地处理这种情况。