FileZilla在Debian上主要支持以下三种文件传输协议：
- FTP：用于在客户端和服务器之间传输文件，但不提供加密。
- FTPS（FTP over SSL/TLS）：FTP的安全版本，通过SSL/TLS加密数据传输。
- SFTP（SSH File Transfer Protocol）：基于SSH协议提供安全的文件传输。
此外，FileZilla还支持其他一些功能和协议，例如：
- 断点续传
- 远程编辑
- 站点管理
- SSL加密连接
- IPv6支持
- 文件名过滤
- 拖放功能
- 多国语言支持（包括简体和繁体中文）
如果您需要在Debian系统上安装FileZilla，可以参考提供的教程进行安装。