MySQL protocol故障的排查方法如下：
检查MySQL服务是否正常运行：可以通过命令行或者服务管理工具来查看MySQL服务的状态，确保MySQL服务已经启动。
检查网络连接：确认客户端与MySQL服务器之间的网络连接是否正常，可以通过ping命令或者telnet命令来测试网络连接。
检查防火墙设置：确保防火墙没有阻止MySQL端口的访问，可以通过禁用防火墙或者添加相关规则来排除防火墙的干扰。
检查MySQL配置文件：查看MySQL配置文件中的相关参数配置是否正确，例如端口号、绑定地址等。
查看MySQL错误日志：查看MySQL的错误日志，检查是否有相关的错误信息，根据错误信息来定位问题。
使用MySQL客户端工具：使用MySQL客户端工具连接MySQL服务器，确认是否可以正常连接，如果连接失败可以查看错误信息来定位问题。
检查系统资源：确保系统资源（CPU、内存、磁盘）充足，避免资源不足导致MySQL服务不稳定。
通过以上方法可以排查MySQL protocol故障，并尽快解决问题，保证MySQL服务的正常运行。