Java SaaS应用的安全性可以通过以下方式来保障：
数据加密：使用SSL/TLS协议对数据进行加密传输，确保数据在传输过程中不被窃取。
访问控制：实现严格的权限控制和访问控制，确保只有授权用户可以访问敏感数据和功能。
跨站脚本攻击（XSS）防护：对用户输入数据进行有效的过滤，避免恶意脚本注入，并使用CSP头部来防范XSS攻击。
跨站请求伪造（CSRF）防护：采用CSRF令牌、双重提交Cookie等技术来防范CSRF攻击。
SQL注入防护：使用预编译语句、ORM框架等方式来防范SQL注入攻击。
安全审计：记录用户操作日志、异常日志等，便于监控和审计系统的安全情况。
定期漏洞扫描：定期进行漏洞扫描，及时发现并修复潜在的安全问题。
安全开发：采用安全开发最佳实践，包括安全代码审查、安全编码规范等，确保代码质量和安全性。
通过以上措施的综合应用，可以有效提高Java SaaS应用的安全性，保护用户数据免受攻击和泄露。