在Debian系统上设置Java权限通常涉及以下几个方面：
首先，确保你已经安装了Java开发工具包(JDK)。你可以使用以下命令来安装OpenJDK：
sudo apt update
sudo apt install openjdk-11-jdk
为了让系统知道Java的安装位置，你需要设置JAVA_HOME和PATH环境变量。编辑你的~/.bashrc或~/.profile文件（取决于你的shell配置），添加以下行：
export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64
export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin
修改配置后，需要运行以下命令使更改生效：
source ~/.bashrc
或者重新登录。
如果你需要为特定的Java应用程序或脚本设置执行权限，可以使用chmod命令。例如，如果你有一个名为myapp.jar的Java应用程序文件，你可以这样设置执行权限：
chmod +x myapp.jar
然后，你可以使用以下命令来运行它：
java -jar myapp.jar
如果你需要为Java应用程序设置的目录设置权限，比如日志目录或配置文件目录，你可以使用chmod和chown命令。例如：
sudo chmod -R 755 /path/to/directory
sudo chown -R yourusername:yourgroup /path/to/directory
这将递归地设置目录的权限，并将目录的所有者和组更改为指定的用户和组。
如果你的系统启用了SELinux或AppArmor，你可能还需要配置这些安全模块以允许Java应用程序访问必要的资源。
AppArmor：Debian默认启用AppArmor，可以通过编辑配置文件来管理权限。例如：
sudo aa-enforce /etc/apparmor.d/usr.sbin.httpd
SELinux：Debian默认不启用SELinux，但可以安装并配置它。在进行权限设置之前，建议详细阅读相关文档，并确保理解这些命令的作用，以避免不必要的系统问题。
以上步骤应该能够帮助你解决在Debian系统中进行Java编译时的权限问题。如果问题依旧存在，请提供更多详细信息，以便我能更好地帮助你。