在SQLite中进行多列多层嵌套查询，可以使用子查询或者连接操作来实现。以下是一个示例：
假设我们有两个表，一个是学生表students，包含学生的姓名和年龄；另一个是成绩表grades，包含学生的成绩信息。
首先，我们可以使用连接操作来查询学生的姓名、年龄以及对应的成绩信息：
SELECT s.name, s.age, g.subject, g.score
FROM students s
JOIN grades g ON s.student_id = g.student_id;
另外，我们也可以使用子查询来实现多列多层嵌套查询，例如查询每个学生的姓名、年龄以及最高成绩：
SELECT name, age,
(SELECT MAX(score) FROM grades WHERE student_id = s.student_id) as max_score
FROM students s;
通过以上示例，可以看到在SQLite中实现多列多层嵌套查询可以通过连接操作或者子查询来实现。根据具体的需求和数据结构选择合适的方法来进行查询。