系统升级与兼容性问题
Ubuntu的升级过程常因bug导致界面死机、系统崩溃，尤其是从长期支持版本（LTS）升级时更为明显。此外，Canonical强制推广的Snaps包管理系统虽提升了安全性，但自动更新机制与部分应用存在兼容性冲突，影响应用功能与性能，引发用户不满。
市场竞争加剧
随着Fedora、Deepin等发行版的崛起，Ubuntu面临更激烈的市场竞争。Fedora以创新技术和新特性吸引开发者，Deepin则凭借本土化优化（如DDE桌面环境、预装微信/WPS）抢占国内用户。部分用户因升级问题、兼容性或本土化需求转向这些发行版，导致Ubuntu用户基础流失。
技术路线与社区孤立
Ubuntu的一些技术选择（如Unity桌面环境、自研的Upstart、Mir显示服务器）与其他主流Linux发行版（如Fedora的GNOME、Systemd）差异较大，导致其在开源社区中的孤立。社区对其技术路线的争议削弱了影响力，部分开发者认为其过于商业化，偏离了开源社区的协作精神。
硬件与性能问题
Ubuntu在硬件兼容性与性能优化上仍有不足。部分用户反映，特定硬件（如老旧设备或国产芯片）的驱动支持滞后，导致硬件无法正常使用。此外，系统资源占用较高，当物理内存不足时，系统频繁使用swap分区，导致性能下降，影响用户体验。
用户体验与易用性挑战
尽管Ubuntu旨在降低Linux使用门槛，但与传统Windows系统相比，其学习曲线仍较陡峭。部分用户因不熟悉命令行操作或缺乏图形化工具支持，难以完成日常任务（如软件安装、系统配置）。此外，Snap的强制使用与自动更新机制也让部分用户感到不便。
安全漏洞风险
Ubuntu与其他Linux发行版一样，面临安全漏洞威胁。例如，2024年Qualys报告指出，Ubuntu的needrestart程序存在多个本地权限提升（LPE）漏洞，可能被攻击者利用获取系统root权限，威胁数据安全与系统完整性。