在Linux环境下使用JavaScript（通常是通过Node.js）进行安全防护，可以采取以下措施：
输入验证：始终验证用户输入，避免注入攻击，如SQL注入、命令注入等。
输出编码：对所有输出到浏览器的数据进行适当的编码，以防止跨站脚本攻击（XSS）。
使用HTTPS：通过SSL/TLS加密通信，保护数据传输过程中的安全。
限制文件权限：确保Node.js应用程序的文件和目录权限设置得当，避免未授权访问。
使用安全的npm包：只安装信誉良好的npm包，并定期更新它们以修补已知的安全漏洞。
环境隔离：使用容器技术（如Docker）来隔离应用程序，减少潜在的安全风险。
日志记录和监控：实施日志记录和监控策略，以便及时发现并响应安全事件。
错误处理：不要向客户端暴露敏感的错误信息，这可能会给攻击者提供利用的信息。
使用Helmet：Helmet是一个Node.js中间件，可以帮助设置各种HTTP头，以增强应用程序的安全性。
使用CSP（内容安全策略）：通过设置CSP头，可以减少XSS攻击的风险。
定期更新和打补丁：保持Node.js环境和所有依赖包的最新状态，以修复已知的安全漏洞。
使用安全的认证和授权机制：实施强密码策略，使用OAuth、JWT等安全的认证和授权机制。
限制资源使用：通过设置资源限制（如CPU、内存使用上限），防止恶意代码消耗过多资源。
使用Web应用防火墙（WAF）：部署WAF可以帮助识别和阻止恶意流量。
安全配置Node.js：确保Node.js的配置是安全的，例如关闭不必要的服务，限制远程访问等。
使用安全审计工具：定期使用安全审计工具检查代码和依赖项，以发现潜在的安全问题。
通过实施这些措施，可以在Linux环境下使用JavaScript时提高应用程序的安全性。然而，安全是一个持续的过程，需要不断地评估和更新安全措施以应对新的威胁。