使用命令行工具可以提高Linux服务器的安全性的一些方法如下：
设置防火墙：使用iptables命令设置防火墙规则，限制来自外部的访问，只允许必要的端口和服务。
更新和升级软件：使用命令行工具可以方便地更新和升级操作系统和软件包，确保服务器上的所有软件都是最新的，以避免已知的安全漏洞。
安装和配置入侵检测系统（IDS）：使用命令行工具可以安装和配置IDS，以监控和检测潜在的恶意活动和入侵尝试。
配置登录认证和访问控制：使用命令行工具可以配置安全的登录认证方式，如使用SSH密钥登录而不是密码登录，并设置复杂的密码策略。还可以使用命令行工具配置访问控制列表（ACL）以限制特定用户或IP地址的访问权限。
启用日志和审计：使用命令行工具可以配置系统日志和审计，以跟踪和记录用户和系统活动，以便进行安全审计和调查。
定期备份数据：使用命令行工具可以设置自动化的备份脚本，定期将重要数据备份到安全的地方，以防止数据丢失或损坏。
使用加密通信：使用命令行工具可以配置和管理加密通信，如使用SSL/TLS配置Web服务器，使用VPN设置加密隧道等。
安装和配置入侵防御系统（IPS）：使用命令行工具可以安装和配置IPS，以防御已知和未知的攻击，并实时监控网络和主机活动。
以上方法只是提供了一些基本的安全措施，实际上还有很多其他的命令行工具和技术可用于提高Linux服务器的安全性。