免费的虚拟主机管理系统有：1、ZPanel控制面板，支持Windows，Linux，UNIX和MacOSX等多个操作系统的VPS或服务器；2、easypanel控制面板，是集开通虚拟主机、ftp、空间、数据库等功能为一体的虚拟空间控制面板；3、宝塔控制面板，操作设置简单、功能多、兼容性好、更新频率快，且可以一键迁移。
具体内容如下：
1、ZPanel控制面板
ZPanel是一款国外免费的虚拟主机控制面板，支持Windows，Linux，UNIX和MacOSX等多个操作系统的VPS或者服务器。ZPanel的版本命名为ZPanelX(10)。ZPanelX支持的linux操作系统包括CentOS 6和Ubuntu 11.10，12.04等(目前不支持Debian)。
2、easypanel控制面板
easypanel主机控制面板是一款免费的、跨平台的，集开通虚拟主机、ftp、空间、数据库等功能为一体的虚拟空间控制面板。
3、宝塔控制面板
宝塔面板界面设计清爽简捷，站点访问速度较快，可以设置定时备份到云盘，操作设置简单，功能多。更新频率快，兼容性比较好，面板可一键迁移。有免费版和收费版。