机架式服务器的缺点有：1、成本投入高，机架式服务器需要更多的降温设备，会增加成本投入；2、能耗高，机架式服务器运行时会增加电能的消耗；3、可扩展性受限制，机架式服务器可扩展性受内部空间限制，如1U服务器只有一个或两个PCI扩展插槽。
具体内容如下：
1、成本投入高
机架式服务器垂直安装在服务器机架中，大量机器运行导致了热能升高，这就势必导致需要更多的降温设备，增加了成本投入。
2、能耗高
每台服务器都是独立的个体，运行时会增加电能的消耗。这也就导致了机房不能超出额定的服务器使用台数，否则会导致电能供力不足情况发生。
3、可扩展性受限制
可扩展性受到机架式服务器内部空间限制的限制。例如，大多数1U服务器只有一个或两个PCI扩展插槽。