使用日本独立ip服务器卡顿的原因有：1、网站流量大，服务器配置太低，导致日本独立ip服务器卡顿；2、服务器资源不足，如下载、音乐、视频、图片等资源占比过大，导致服务器卡顿；3、部署过多程序导致服务器CPU满载，网页打开速度变慢。
具体内容如下：
1、服务器配置不符合网站现有流量
很多用户没有给自己的站点做合适的定位，选择日本机房的服务器不适合自己的站点，比如：现有网站日访问IP 达到1万以上的网站，却选择一个不足以支持这个数量的服务器配置，这样就可能导致服务器运行不稳定，在访客高峰期网站回出现服务不可用等问题。所以建议在租用或购买日本机房服务器的时候先考虑你网站的量级和网站类型，比如：日IP 1w、下载站、图片视频资源等。在购买之前最好咨询在线客服人员根据每个站点的需求推荐站长选择适合自己的服务器。
2、大量的资源消耗
运营下载站或者图片视频资源站的时候，不推荐使用日本机房的小型服务器。这类型的站点，选用配置较高带宽是比较不错的选择。有的站点，访问流量不大，但是占用的服务器带宽资源却很大，比如下载、音乐、视频、图片等资源占比过大，尽量避开资源占用的高峰期是保证站点稳定的一个保障。还有其它的，比如：在我们使用网站CMS系统的时候，在后台更新时也可能出现网站卡顿、无响应等，这也是一次性更新大量资源、高并发所导致的，说白了就是更新的页面量级过大。解决方法：单个栏目更新，少量多次更新。
3、服务器CPU满载
在有些日本服务器里面，一些用户往服务器里部署过多程序，这样的一种做法也是比较占资源的，还有的用户喜欢直接在线上测试程序和调试，运行到有问题的程序，服务器资源一下就给占满了，相对的网页打开速度就变慢，所以在此提醒用户，尽可能确保上传到服务器里面的程序是经过测试、没有问题的，有问题的程序下载到本地或专门的开发测试环境中测试无误后，再进行上传，尽量避免线上测试。