java服务器部署网站被黑排查的方法：1、对系统内的木马进行排查和清理，如linux系统，看/usr/bin/dpkgd目录中是否有ps、ss、lsof、netstat文件；2、使用安全软件对相关的文件进行隔离，并对文件分区进行权限管理和设置访问密码；3、检查服务器网站是否存在恶意代码或非法页面；4、检查服务器登陆记录，如果出现异常登陆要修改复杂密码。
具体内容如下：
1、对系统内的木马进行排查和清理
要排查木马的话，如果是windowsserver的用户可以首先查看一下任务管理器，查看有没有异常进程，这类进程的一般都是相对奇怪或者带有明显拼音的特征，其次还需要查看CPU的状态，如果CPU的使用率持续比较高的话那么基本可以确定木马的存在，至于linux系统的话可以/usr/bin/dpkgd目录中是否有ps、ss、lsof、netstat这几个文件。但凡符合伤处情况基本就可以确定被黑客挂马了。
2、查看网站后门
现在不少优质的安全软件都提供对于网站服务器的全方案检查，如果在运维过程出弹出相关信息，说明服务器存在被黑客入侵的风险甚至已经上传了后门文件，所以可以通过安全软件对相关的可以文件进行隔离，同时还要对文件分区进行权限管理并设置访问密码，以免黑客对网站和数据库进行进一步入侵。
3、检查网站是否存在恶意代码或者非法页面
在对服务器本身进行清理之后还需要查看网站的代码，找出这些url指向的页面的位置，检查文件的代码是否源于自身开发的，否则基本可以确定服务器被入侵，这对这些已经被找出的恶意文件或者代码可以手动删除，当然还需要在删除之后进行补丁升级以免漏洞被再次利用。
4、检查登陆记录
在遭到入侵之后也需要登陆服务器的IP是否正常，如果出现异常IP登陆的话建议修改复杂密码，使用10位以上，包含大小写字母和特殊字符的强密码。并且如果有必要还可以增加堡垒机或者高防CDN来防止被恶意渗透，如果还需要进一步安全服务也可以随时联系在线客服。