网站虚拟主机空间漏洞修复的方法：1、检查是否有账号泄露或异常登录的情况；2、更新系统补丁到最新版；3、使用安全扫描软件扫描网站下载文件；4、关闭危险端口并开启系统防火墙；5、更新网站文件。
具体内容如下：
1、检查是否有账号泄露的情况以及有没有异常登录。
2、检查系统补丁是否更新到最新版。
3、网站文件下载到本地，利用安全扫描软件扫描网页后门木马，清理网页后门木马。
4、关闭危险端口，开启系统防火墙。
5、更新网站文件覆盖可疑或者被修改过的文件。