云虚拟主机服务器根目录下的文件有：1、/文件，用户的FTP根目录；2、htdocs文件，用户网站的根目录；3、myfolder文件，临时存放不愿公开的内容目录；4、ftplogs文件，用户的ftp访问日志存放位置；5、wwwlogs文件，用户的www访问日志存放位置；6、backup文件，数据库备份的存放位置；7、conf文件，存放配置文件；8、database文件，存放数据库的备份文件；9、dblogs文件，存放数据库的相关操作日志；10、weblogs文件，存放网站运行中产生的日志；11、webroot文件，存放网站代码文件及app.conf。
具体内容如下：
1、/文件
用户的FTP的根目录，为避免用户错误删除该路径下的内容，所以禁止写入，只可读取。
2、htdocs文件
用户网站的根目录，可以将网站文件上传至此。
3、myfolder文件
文件夹中的内容不会被web用户看到，用户可以临时存放一些不愿公开的内容，比如站点备份、数据库备份等。
4、ftplogs文件
用户的ftp访问日志存放位置，只读。
5、wwwlogs文件
用户的www访问日志存放位置，只读。
6、backup文件
系统自动为用户生成的数据库备份的存放位置，只读。
7、conf文件
存放配置文件，如php配置文件等。
8、database文件
存放数据库的备份文件。
9、dblogs文件
存放数据库的相关操作日志。
10、weblogs文件
存放网站运行中产生的日志，如php errorlog、access log、php-fpm log。
11、webroot文件
存放网站代码文件以及app.conf。