如果在CentOS系统中删除了一个用户，但是该用户的主目录和文件仍然存在，你可以按照以下步骤来处理：
确认用户已被删除：
使用id命令来确认用户是否真的已被删除。例如，如果你想检查用户username是否还存在，可以运行：
id username
如果用户已被删除，命令将不会返回任何输出。
删除用户的主目录：
如果用户的主目录仍然存在，并且你想删除它，可以使用rm命令。例如，如果用户的主目录是/home/username，可以运行：
sudo rm -rf /home/username
注意：rm -rf命令会递归地删除目录及其所有内容，因此请确保你确实想要删除这个目录，并且已经备份了任何重要数据。
删除用户的邮件目录（如果适用）：
如果用户使用了邮件服务，并且有一个邮件目录（通常位于/var/spool/mail/下），你可能也想删除它。例如：
sudo rm -rf /var/spool/mail/username
删除用户的计划任务：
如果用户设置了cron计划任务，这些任务可能仍然存在于crontab中。你可以使用以下命令来删除用户的cron计划任务：
sudo crontab -u username -r
检查并删除其他相关文件：
用户可能在其他地方留下了文件或目录，例如/etc/passwd、/etc/shadow、/etc/group等文件中可能还有该用户的记录。你可以使用文本编辑器或命令行工具来检查并删除这些记录。
清理SELinux上下文（如果适用）：
如果你的系统启用了SELinux，删除用户后可能需要清理相关的SELinux上下文。你可以使用restorecon命令来恢复文件或目录的默认SELinux上下文。
请注意，在执行任何删除操作之前，请确保你已经备份了所有重要数据，并仔细检查了你要删除的内容，以避免意外删除重要文件。