在更新Linux系统时，可以通过以下几种方式来保障安全：
使用官方源：使用官方的软件源来更新系统，避免使用第三方源或未经验证的源，以防下载到恶意软件或病毒。
定期更新：定期检查系统更新并进行更新操作，及时修补系统漏洞，提高系统的安全性。
备份数据：在更新系统之前，务必备份重要数据，以防更新过程中出现意外情况导致数据丢失。
确保网络安全：在更新系统时，确保网络连接是安全的，避免在公共网络上进行更新操作，以免被黑客攻击。
关注安全通知：关注Linux官方的安全通知和补丁发布，及时了解系统存在的安全问题并进行修复。
使用防火墙和安全软件：在更新系统后，建议安装防火墙和安全软件，加强系统的安全防护能力。