网站服务器防护措施有：1、配置SSL证书，对服务器网站的数据进行加密传播，能保证数据的安全性，提升网站的信任等级；2、使用网站验证码，能阻止垃圾邮件，防止恶意注册；3、定期对服务器进行安全扫描，及时发现病毒文件并进行清理；4、更新网站程序和插件，避免漏洞被利用进行攻击。
具体内容如下：
1、配置SSL证书
SSL证书通过网站传输加密数据，可以对服务器网站的数据进行加密传播，就不易被黑客破解，同时为服务器网站配置SSL证书不仅可以保证数据的安全性，还可以提升服务器网站的信任等级。目前很多大型网站都已配置SSL证书。
2、使用网站验证码
服务器网站验证码CAPTCHA是可区分电脑与人类的完全自动化公用涂林测试的缩写，使用验证码后可以阻止机器人试图自动提交表格或获取电子邮件地址，如果服务器网站想避免虚假注册，使用网站验证码就是一个阻止垃圾邮件的好措施，能够有效防止恶意注册。
3、定期安全扫描
定期的进行服务器网站安全扫描也是至关重要的，这样能够及时发现病毒文件并进行清理，从而减少不必要的损失。目前服务器用户大多使用cPanel/Plesk面板，都具有病毒扫描功能。因此对服务器网站文件进行扫描也不复杂，只需要在控制面板后台进行操作就可以。
4、更新程序和插件
由于所有程序都会存在漏洞，所以很多程序在一段时间内会有版本更新，主要就是为了更新升级来弥补安全漏洞，所以系统每次推出新版本时服务器用户要及时的更新网站程序版本。另外很多服务器用户是使用Word Press、Joomla等程序建站，其中或多或少会安装一些插件，而这些插件也是同样需要升级的，一般服务器用户进入程序后台时都会有更新提醒的，所以要及时对程序的插件进行更新。