电子邮件服务器使用的协议有：1、SMTP协议，它的作用是把邮件消息从发信人的邮件服务器传送到收信人的邮件服务器；2、POP协议，不支持对服务器邮件进行扩展操作，支持使用ASCII码来传输数据消息；3、IMAP4协议，支持协议客户机在线或离开访问并阅读服务器上的邮件，还能交互式的操作服务器上的邮件。
具体内容如下：
1、SMTP协议
SMTP协议的作用是把邮件消息从发信人的邮件服务器传送到收信人的邮件服务器。SMTP的历史比HTTP早得多，其RFC是在1982年编写的，而SMTP的现实使用又在此前多年就有了。尽管SMTP有许多奇妙的品质，但已经存在多年，可谓是互联网界的老古董和常青树。
在这个SMTP握手阶段，SMTP客户向服务器分别指出发信人和收信人的电子邮件地址。彼此自我介绍完毕之后，客户发出邮件消息。SMTP可以指望由TCP提供的可靠数据传输服务把该消息无错地传送到服务器。如果客户还有其他邮件消息需发送到同一个服务器，它就在同一个TCP连接上重复上述过程;否则，它就指示TCP关闭该连接。
2、POP协议
经常使用电子邮件处理公务的朋友会常常用到POP协议，POP适用于C/S结构的脱机模型的电子邮件协议，目前已发展到第三版，称POP3。脱机模型即不能在线操作，POP不支持对服务器邮件进行扩展操作，此过程需要更高级的IMAP4协议来完成。支持POP协议使用ASCII码来传输数据消息，这些数据消息可以是指令，也可以是应答。
3、IMAP4协议
IMAP4协议与POP3协议一样也是规定个人计算机如何访问网上的邮件的服务器进行收发邮件的协议，但是IMAP4协议同POP3协议相比更高级。IMAP4支持协议客户机在线或者离开访问并阅读服务器上的邮件，还能交互式的操作服务器上的邮件。IMAP4协议更人性化的地方是不需要像POP3协议那样把邮件下载到本地，用户可以通过客户端直接对服务器上的邮件进行操作。