MySQL清理日志的方式有以下几种方法：
利用MySQL命令清理日志：可以使用类似于PURGE BINARY LOGS和FLUSH LOGS等MySQL命令来清理二进制日志或刷新日志文件。
手动删除日志文件：可以直接在服务器上手动删除MySQL的日志文件，包括二进制日志文件、慢查询日志文件等。
设置自动清理日志：可以在MySQL配置文件中添加相应参数来设置自动清理日志，比如设置expire_logs_days参数来定期清理过期的二进制日志文件。
使用日志管理工具：可以使用一些第三方日志管理工具来帮助清理MySQL的日志文件，比如pt-archiver等工具。
需要注意的是，在清理日志文件时一定要谨慎操作，避免误删重要日志文件导致数据丢失或数据库无法正常运行。建议在清理日志文件之前备份数据，以防不测。