要在Linux系统中设置双因子认证，可以按照以下步骤进行操作：
安装PAM模块：
双因子认证通常使用PAM (Pluggable Authentication Modules)模块来实现。首先，检查系统是否已经安装了pam-devel包。如果没有安装，可以使用以下命令安装：
sudo apt-get install libpam0g-dev
安装双因子认证服务：
可以选择安装Google Authenticator或Duo Security等双因子认证服务。这些服务可以提供手机应用程序用于生成验证码。
sudo apt-get install libpam-google-authenticator
配置PAM模块：
打开/etc/pam.d/sshd文件（如果使用SSH进行认证）或/etc/pam.d/login文件（如果使用本地登录进行认证），并在文件的开头添加以下行：
auth required pam_google_authenticator.so
配置双因子认证服务：
对于Google Authenticator，可以在命令行中运行以下命令进行配置：
google-authenticator
根据提示，会询问是否允许使用时间同步、是否允许多个标记设备以及是否要求密钥的使用等选项。根据需要进行选择。
重启SSH服务（如果使用SSH进行认证）或重启系统（如果使用本地登录进行认证）：
sudo systemctl restart sshd
登录时进行双因子认证：
当用户登录时，系统将首先要求输入常规的用户名和密码，然后要求输入双因子认证的验证码。根据双因子认证服务的要求，可以使用手机应用程序生成验证码。
请注意，这只是双因子认证的基本设置过程，具体步骤可能因所使用的双因子认证服务而有所不同。建议参考所使用服务的文档进行详细配置。