要防范php system()命令注入漏洞，可以采取以下几点措施：
输入验证：对于通过system()函数执行的命令，应该对用户输入的参数进行严格的验证和过滤，确保只允许合法的输入。
使用白名单：限制system()函数可以执行的命令，只允许执行特定的命令，同时避免执行任意用户输入的命令。
使用参数化命令：将用户输入的参数作为参数传递给system()函数，而不是直接拼接在命令中，避免命令注入的风险。
最小权限原则：为系统用户设置最小权限原则，确保system()函数只能以有限的权限执行命令，避免恶意用户利用系统漏洞获取更高权限。
定期更新和监控：及时更新系统和应用程序，确保及时修补系统漏洞，同时监控系统日志和用户操作，及时发现异常行为并进行处理。