当一个C语言程序的运行时间超过了系统所设置的时间限制时，可以尝试以下几种方法来解决：
优化算法：对程序进行算法优化，尽量减小运行时间。可以使用更高效的数据结构、改进算法的复杂度等方式来提高程序的性能。
减小数据规模：如果程序在较大的数据规模下运行时间超限，可以尝试缩小数据规模，以减少程序运行时间。
局部优化：在程序中找到耗时较多的部分，并进行局部优化。可以使用更高效的算法、减少不必要的计算等方式来提高程序的效率。
多线程处理：如果可能的话，可以将程序拆分成多个子任务，使用多线程并行处理，以提高运行效率。
使用更高效的编译器：尝试使用更高效的编译器，如GCC等，可以提高程序的运行速度。
使用更高性能的硬件：升级硬件设备，如CPU、内存等，可以提高系统的整体性能，从而缩短程序的运行时间。
使用其他语言：如果C语言无法满足性能要求，可以尝试使用其他语言，如C++、Python等，这些语言在某些场景下可能有更高的执行效率。
使用并行计算技术：如果程序的计算密集型部分较多，可以尝试使用并行计算技术，如OpenMP或MPI等，并行计算可以同时利用多个CPU核心来加速程序运行。
以上是一些常见的解决方法，具体要根据具体程序和运行环境来选择合适的解决方案。