在使用Python的system()函数时，最佳实践包括以下几点：
尽量避免使用system()函数，因为它会调用操作系统的shell执行命令，可能存在安全漏洞和风险。推荐使用subprocess模块来替代system()函数。
如果确实需要使用system()函数，确保传入的命令是安全的，不要直接从用户输入中获取命令，避免命令注入漏洞。
如果必须使用system()函数，并且需要执行复杂的命令，可以考虑使用shlex模块来对命令进行解析和处理。
在调用system()函数之前，最好先检查命令是否存在或可执行，以避免出现错误。
尽量避免在生产环境中使用system()函数，可以考虑其他更安全的方式来完成相同的功能。
总之，使用system()函数时，要注意安全性和可靠性，避免可能导致安全风险的操作。如果有更好的替代方案，应优先考虑使用替代方案来完成相同的功能。