在Ubuntu下管理JSP文件，可参考以下方法：
安装JDK和Tomcat，可使用命令sudo apt install openjdk-11-jdk和sudo apt install tomcat9，安装后通过java -version和sudo systemctl status tomcat9验证。
将JSP文件放在Tomcat的webapps目录下，如/var/lib/tomcat9/webapps/yourapp/，可通过sudo cp -r /path/to/your/jsp/files/* /var/lib/tomcat9/webapps/yourapp/命令复制文件。
若需配置虚拟主机或多项目，可编辑/etc/apache2/sites-available/下的配置文件，添加相关虚拟主机配置，再通过sudo a2ensite和sudo systemctl restart apache2启用。
可使用Git进行版本控制，在项目目录下执行git init初始化仓库，git add .添加文件，git commit -m "提交信息"提交更改，还可通过git remote add和git push将代码推送到远程仓库。