如果pyautogui点击窗口无效，可能是由于以下原因：
窗口没有被激活：确保要点击的窗口是当前激活状态的窗口。你可以使用pyautogui.click()函数前先使用pyautogui.click(x, y)点击窗口的标题栏或任务栏图标以确保窗口被激活。
窗口被覆盖：如果窗口被其他窗口或程序覆盖，点击可能会无效。你可以尝试使用pyautogui.moveTo()函数将鼠标移动到窗口的可见区域，然后再点击。
分辨率或缩放问题：如果你的程序运行在不同的分辨率或缩放设置下，窗口的位置可能会发生变化，导致点击无效。你可以尝试使用pyautogui.position()函数获取窗口的准确位置，然后再进行点击。
权限不足：如果你的程序没有足够的权限执行点击操作，可能会导致点击无效。你可以尝试以管理员权限运行你的程序，或者修改系统设置以允许程序执行点击操作。
如果以上方法都无效，可能是由于其他未知原因导致。你可以尝试使用其他自动化工具或框架来实现窗口点击操作，例如Selenium或pywinauto。