Linux FTP服务器可以使用以下加密方式来保护数据传输：
SSL/TLS加密：通过在FTP服务器上配置SSL/TLS证书，可以实现对数据传输的加密保护。这种方式可以确保数据在传输过程中不被窃取或篡改。
SFTP（SSH文件传输协议）：SFTP是一种基于SSH协议的安全文件传输协议，可以在SSH连接上进行文件传输。通过使用SFTP，可以实现对数据传输的加密保护。
FTPS（FTP安全）：FTPS是通过FTP协议进行数据传输时使用SSL/TLS加密的方式。通过在FTP服务器上配置SSL/TLS证书，可以实现对数据传输的加密保护。
这些加密方式可以有效保护数据在传输过程中的安全，建议在搭建Linux FTP服务器时选择其中一种或多种加密方式来提升数据传输的安全性。