在Java Web应用中使用Bootstrap时，除了关注前端界面的美观和交互性，还需要特别注意安全问题。以下是一些关键的安全注意事项：
- 使用HTTPS：确保所有页面通过HTTPS进行通信，以防止数据在传输过程中被截获或篡改。
- 防止跨站脚本攻击（XSS）：
- 输入验证：对所有用户输入进行验证和过滤，避免允许执行脚本代码的特殊字符。
- 输出编码：在显示用户输入的内容时进行适当的编码，防止XSS攻击。
- 防止跨站请求伪造（CSRF）：
- 使用CSRF令牌：在表单中添加CSRF令牌，并在服务器端验证该令牌。
- 检查HTTP头部Referer：确保所有非GET请求都带有Referer头，并检查其来源。
- 安全使用Cookie：设置Cookie的HttpOnly属性，防止客户端JavaScript访问，减少XSS攻击的风险。
- 文件上传安全：
- 限制文件类型和大小：只允许上传特定类型和大小的文件。
- 使用服务器端验证：对上传的文件进行服务器端验证，防止路径遍历等安全漏洞。
- 内容安全策略（CSP）：实施内容安全策略，限制可以加载的脚本来源，防止恶意脚本执行。
通过上述措施，可以在很大程度上提高Java Web应用中使用Bootstrap时的安全性，保护用户数据和系统免受攻击。