要优化Ubuntu上的PHP数据库查询，您可以采取以下措施：
选择合适的数据库引擎：根据您的需求选择合适的数据库引擎，例如MySQL、PostgreSQL或SQLite。不同的数据库引擎具有不同的性能特点，因此选择一个适合您需求的数据库引擎非常重要。
优化数据库结构：合理设计数据库表结构，避免冗余数据，使用合适的数据类型和索引。对于大型数据库，可以考虑分区表以提高查询性能。
使用预处理语句：预处理语句可以提高查询性能并防止SQL注入攻击。在PHP中，可以使用PDO或MySQLi扩展来实现预处理语句。
缓存查询结果：对于不经常变化的数据，可以将查询结果缓存起来，以减少数据库的负载。在PHP中，可以使用Memcached或Redis等缓存系统。
限制查询结果集：尽量只查询需要的数据，避免使用SELECT *。可以使用LIMIT子句来限制查询结果集的大小。
使用分页：对于大量数据的查询，可以使用分页技术，每次只返回一部分数据。这样可以减轻数据库的压力，并提高用户体验。
优化连接管理：确保在使用完数据库连接后及时关闭连接，避免长时间占用资源。在PHP中，可以使用mysqli_close()函数或PDO对象的close()方法来关闭连接。
使用慢查询日志：启用数据库的慢查询日志功能，以便找出性能瓶颈。针对慢查询进行优化，可以提高整体查询性能。
定期维护数据库：定期对数据库进行优化和维护，例如更新统计信息、重建索引、清理碎片等。
监控和分析：使用监控工具（如New Relic或Datadog）来监控数据库性能，分析慢查询和资源消耗，以便进行针对性的优化。
通过以上措施，您可以有效地优化Ubuntu上的PHP数据库查询，提高应用程序的性能。