C语言数组合并去重的方法有以下几种：
使用双重循环遍历两个数组，将不重复的元素存储到一个新的数组中。这种方法的时间复杂度较高，为O(n^2)。
先将两个数组分别排序，然后使用双指针法进行合并和去重。首先将两个数组的第一个元素比较，较小的元素存储到新的数组中，并将对应指针向后移动一位；如果两个元素相等，则只存储一个元素，并将两个指针都向后移动一位。重复这个过程直到遍历完两个数组，得到合并后的数组。这种方法的时间复杂度为O(nlogn)，其中n为两个数组的总长度。
使用哈希表（散列表）来实现去重。先遍历第一个数组，将每个元素存储到哈希表中；然后遍历第二个数组，对于每个元素，判断其是否已经在哈希表中存在，如果不存在则存储到哈希表中。最后遍历哈希表，将所有不重复的元素存储到一个新的数组中。这种方法的时间复杂度为O(n)，其中n为两个数组的总长度。但是需要额外的空间来存储哈希表。
总结来说，使用哈希表的方法效率较高，但需要额外的空间；双指针法虽然效率较低，但是不需要额外的空间。选择哪种方法取决于具体的需求。