在C#应用程序中隐藏主窗口，可以使用以下代码：
this.Hide();
这行代码会隐藏当前窗口。如果需要隐藏整个应用程序的主窋口，可以使用以下代码：
Application.Run(new YourForm());
将需要显示的窗口替换为 “YourForm()”。这样就可以在应用程序启动时隐藏主窋口。