在Linux系统中集成Swagger主要面临的挑战包括：
Java环境的安装与配置：Swagger是基于Java的API文档生成工具，因此需要安装Java开发环境。用户需要安装OpenJDK或Oracle JDK，并进行相应的环境配置。
依赖管理：如果使用Maven或Gradle来构建项目，需要正确配置Swagger依赖项。这包括在选择合适的版本并将其添加到项目的构建文件中。
配置Swagger：需要创建一个Swagger配置类来启用Swagger文档生成。对于Spring Boot项目，需要使用@EnableSwagger2注解来启用Swagger。
兼容性问题：在某些情况下，可能会遇到与特定Linux发行版或内核版本的兼容性问题。例如，实时内核的特性可能会影响系统的响应时间和处理延迟，从而影响Swagger的集成。
性能监控与调优：集成Swagger后，需要对系统的性能进行监控和调优，以确保Swagger文档生成不会对系统性能产生负面影响。
安全性问题：在集成Swagger时，需要考虑安全问题，如如何保护API文档不被未授权访问。
文档生成与维护：随着项目的迭代，需要不断更新和维护Swagger文档，以确保其与实际API保持一致。
综上所述，Linux系统中Swagger集成的挑战涉及环境配置、依赖管理、配置复杂性、兼容性问题、性能调优、安全性和文档维护等多个方面。