Ubuntu上如何安装GROMACS

在Ubuntu上安装GROMACS的步骤如下：

1. 打开终端（Terminal）。

2. 更新软件包列表，输入以下命令：

sudo apt update

3. 安装GROMACS所需的依赖项，输入以下命令：

sudo apt install cmake build-essential libfftw3-dev libhwloc-dev cmake-data libopenmpi-dev libboost-all-dev

4. 下载GROMACS源代码，可以从官方网站下载最新版本：http://www.gromacs.org/Downloads 也可以使用wget命令直接下载，例如下载版本2021.5：

wget http://ftp.gromacs.org/pub/gromacs/gromacs-2021.5.tar.gz

5. 解压下载的源代码文件：

tar -zxvf gromacs-2021.5.tar.gz

6. 进入解压后的目录：

cd gromacs-2021.5

7. 创建一个构建目录并进入：

mkdir build
cd build

8. 运行cmake来配置编译选项：

cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON

这里，我们启用了自带的FFTW库，并下载回归测试所需的数据。你可以根据需要调整其他选项。

9. 编译GROMACS：

make

10. 安装GROMACS：

sudo make install

11. 为了在终端中方便地运行GROMACS，你可以将其添加到系统路径中：

echo "export PATH=\$PATH:/usr/local/gromacs/bin" >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc

现在你已经成功地在Ubuntu上安装了GROMACS，可以通过在终端中输入gmx来运行它。