在使用Java和Servlet容器（如Tomcat）开发Web应用程序时，需要注意以下安全问题：
- SQL注入：当你的应用程序通过用户输入来构建SQL查询时，恶意用户可能会尝试注入SQL代码，以执行未经授权的数据库操作。为了防止SQL注入，你应该始终使用预编译的语句（PreparedStatement）或JPA的Criteria API，而不是通过字符串拼接来构建SQL查询。
- 跨站脚本攻击（XSS）：当你的应用程序在页面上显示用户输入的数据时，恶意用户可能会尝试注入JavaScript代码，以窃取用户会话信息、篡改页面内容或进行其他恶意操作。为了防止XSS攻击，你应该对用户输入进行适当的转义，并使用HTTPOnly和Secure标志来管理Cookie。
- 跨站请求伪造（CSRF）：当你的应用程序允许用户执行某些操作时，恶意用户可能会尝试伪造用户的请求，以执行这些操作。为了防止CSRF攻击，你可以使用CSRF令牌来验证用户提交的请求是否合法。
- 不安全的重定向和转发：当你的应用程序在处理用户请求时，可能会将用户重定向或转发到其他URL。如果这些URL没有适当的安全措施，恶意用户可能会利用它们来执行未经授权的操作。为了防止这种情况，你应该确保重定向和转发仅发生在可信的上下文中，并对目标URL进行验证。
- 不安全的数据存储和传输：当你的应用程序存储或传输敏感数据时，如果没有适当的安全措施，这些数据可能会被窃取或篡改。为了防止这种情况，你应该使用加密技术来保护数据的机密性和完整性，并确保数据在传输过程中不被截获。
- 身份验证和授权不足：当你的应用程序没有实施适当的身份验证和授权机制时，恶意用户可能会尝试访问受保护的资源或执行未经授权的操作。为了防止这种情况，你应该实施强大的身份验证和授权机制，如OAuth、OpenID Connect或基于角色的访问控制（RBAC）。
- 日志泄露和敏感信息暴露：当你的应用程序记录用户请求或其他敏感信息时，如果没有适当的安全措施，这些信息可能会被恶意用户获取或滥用。为了防止这种情况，你应该对敏感信息进行脱敏处理，并限制对日志文件的访问权限。
总之，在使用Java和Servlet容器开发Web应用程序时，你需要时刻关注安全问题，并采取适当的安全措施来保护你的应用程序和用户数据。