在Flowchart.js中处理循环依赖的流程图结构可以通过以下方法：
1. 使用条件语句：在流程图中添加条件语句来判断循环依赖的情况，根据条件的不同执行不同的操作。
2. 使用子流程或子图：将循环依赖的部分抽象成子流程或子图，然后在需要的地方引用这个子流程或子图，可以避免循环依赖的问题。
3. 使用并行流程：将循环依赖的部分拆分成多个并行的流程，每个流程独立执行，最后再合并结果。
4. 使用递归：在流程图中使用递归来处理循环依赖的情况，递归调用自身直到满足退出条件。
通过以上方法，可以有效处理循环依赖的流程图结构，确保流程图的正确执行。