MongoDB覆盖索引的缺点主要包括：
冗余存储：覆盖索引会将索引字段的值复制到索引中，这会增加存储空间的需求。尤其是当索引字段较多或者字段值较大时，冗余存储的问题会更加明显。
写入性能下降：由于覆盖索引需要维护冗余的索引数据，因此在写入操作时会增加额外的开销，导致写入性能下降。
更新索引的成本高：当需要更新索引字段的值时，覆盖索引需要同时更新索引和数据表中的冗余字段，这会增加更新操作的成本。
索引维护的复杂性：覆盖索引会增加索引的复杂性，特别是当需要维护多个覆盖索引时，对于索引的创建、更新和删除操作都会变得更加复杂。
索引选择的限制：覆盖索引只能用于满足查询条件和返回结果的字段，无法用于排序、分组和聚合操作。这意味着在某些场景下，覆盖索引的使用可能会受到限制。
需要注意的是，虽然覆盖索引有一些缺点，但在某些场景下仍然是非常有用的。因此，在使用覆盖索引时，需要根据具体的业务需求和性能要求来权衡利弊。