将MongoDB整个数据库迁移可以通过以下步骤实现：
备份源数据库：首先需要对源数据库进行备份，可以使用mongodump命令将源数据库中的数据备份到一个指定的目录中。
复制备份文件：将备份文件从源服务器复制到目标服务器，确保目标服务器能够访问并读取备份文件。
恢复数据：在目标服务器上使用mongorestore命令恢复备份的数据，将数据导入到目标数据库中。
配置新数据库：在目标服务器上配置新的数据库实例，确保数据库配置与源数据库一致。
测试数据迁移：进行数据迁移后，需要进行测试验证，确保数据迁移成功且数据完整性得到保障。
需要注意的是，迁移过程中需要确保源数据库和目标数据库版本相同或兼容，以及确保迁移过程中不影响当前数据库的正常运行。另外在进行迁移前最好先做好计划和备份，以确保数据安全和迁移顺利完成。