环境变量是Java运行的基础，JAVA_HOME（指向JDK安装路径）和PATH（包含Java可执行文件路径）设置不当是最常见的配置失败原因。例如，未正确设置JAVA_HOME会导致依赖该变量的应用无法找到Java解释器；PATH中未包含$JAVA_HOME/bin会使系统无法识别java、javac等命令。此外，修改环境变量后未执行source命令（如source /etc/environment或source ~/.bashrc）使更改生效，也会导致“java命令无效”的问题。
若系统中安装了多个Java版本（如OpenJDK 8、11、17共存），可能导致命令冲突（如java命令指向错误的版本）或版本不兼容（如高版本编译的类文件无法在低版本JVM上运行）。例如，使用java -version显示的版本与项目要求的版本不符，或javac编译时提示“UnsupportedClassVersionError”。需通过update-alternatives --config java命令管理版本，选择默认使用的Java版本。
安装过程中网络中断、磁盘空间不足或软件源问题，可能导致JDK文件缺失（如rt.jar、tools.jar未解压）或损坏。此时，java -version可能无法执行，或提示“NoClassDefFoundError”等错误。解决方法是重新安装JDK：sudo apt update && sudo apt install --reinstall default-jdk。
Java应用启动时，若应用目录、JAR包或日志文件的读写权限不足，会导致“Permission denied”错误。例如，以普通用户身份运行java -jar app.jar时，若app.jar没有执行权限（chmod +x app.jar可修复），或应用需要写入日志目录但用户无权限（chown修改所有者可解决）。此外，若通过systemd启动服务，需确保ExecStart指定的用户有完整权限。
pom.xml或build.gradle中的依赖未正确下载（如仓库配置错误、网络问题），会导致编译失败（如“Could not resolve dependencies”）。需执行mvn clean install或gradle clean build清理并重新下载依赖。libx11、数据库连接需要libaio、JNI调用需要.so文件）。若缺少这些库，会提示“libxxx not found”或“UnsatisfiedLinkError”。可通过ldd命令检查依赖（如ldd libexample.so），用apt安装缺失的库（如sudo apt install libx11-dev）。.class文件，魔数为0x34）无法在低版本JVM（如JDK 11，魔数为0x33）上运行，会提示“UnsupportedClassVersionError”。需确保编译版本与运行版本一致（如用JDK 11编译，JDK 11运行）。java -jar "my app.jar"中的空格未用引号包裹，或java -jar app漏了.jar后缀，会导致“无法找到或加载主类”错误。正确写法应为java -Xmx512m -Xms256m -jar app.jar（指定堆内存大小）。config.yml、application.properties）路径不正确，会提示“Could not read config file”。需检查配置文件是否存在，或通过-D参数指定路径（如java -jar app.jar -Dconfig.path=/opt/app/config.yml）。服务型Java应用（如Spring Boot、Tomcat）需要绑定特定端口（如8080），若端口已被其他进程占用（如ss -tlnp | grep 8080显示端口被占用），会提示“Address already in use: bind”。需停止占用端口的进程（如kill -9 <PID>），或修改应用配置文件中的端口号。