清理MongoDB数据库可以采取以下几种方法：
删除集合（Collection）或文档（Document）：可以通过删除不再需要的集合或文档来清理数据库。可以使用db.collection.drop()方法删除集合，或者使用db.collection.remove()方法删除文档。
删除索引（Index）：索引可以占据大量的存储空间，因此删除不再使用的索引可以帮助清理数据库。可以使用db.collection.dropIndex()方法删除索引。
压缩数据库：MongoDB在删除文档后不会立即释放磁盘空间，而是将空闲空间保留在数据库文件中。可以使用compact命令来压缩数据库，释放未使用的空间。例如，可以使用db.runCommand({ compact: 'collectionName' })命令来压缩集合。
数据归档和转移：如果数据库中包含大量历史数据或不再使用的数据，可以考虑将这些数据归档到其他存储介质，或者转移到其他数据库中。这样可以减少数据库的大小和负载。
使用TTL索引自动删除过期数据：可以使用TTL（Time-To-Live）索引来自动删除过期数据。TTL索引会根据指定的时间字段自动删除超过指定时间的文档。可以使用db.collection.createIndex()方法创建TTL索引，并设置合适的过期时间。
数据库备份和恢复：备份数据库并在需要时进行恢复可以清理数据库并保护数据。通过定期备份数据库，可以清理不再需要的数据，并在需要时恢复数据库。
请注意，在清理数据库之前，请确保已经进行了适当的备份，并仔细评估和确认要删除的数据，以避免不可逆的数据损失。