混淆是一种对代码进行加密和混淆处理的技术，主要目的是为了保护代码的安全性和防止代码被反编译。在C#中使用混淆工具对代码进行混淆后，可能会影响代码的运行稳定性。为了保证代码的运行稳定，可以采取以下措施：
测试：在对代码进行混淆处理之后，需要进行充分的测试，包括单元测试、集成测试和系统测试等，以确保混淆后的代码能够正常运行并且不会出现问题。
调试：在运行混淆后的代码时，可能会出现一些难以定位的问题。在这种情况下，可以使用调试工具来进行调试，以找出问题的根源并进行修复。
避免过度混淆：在进行代码混淆时，应该避免过度混淆，只对关键部分进行混淆处理，避免对代码逻辑造成破坏。
使用合适的混淆工具：选择一款质量较高的混淆工具，并根据具体情况进行配置，以确保混淆后的代码能够正常运行。
定期更新：随着技术的不断发展，混淆工具也在不断更新和改进，因此建议定期更新混淆工具，以提升代码的安全性和稳定性。