Java GeoJSON库通常支持2D地理数据，但是也有一些库可以处理3D数据。例如，GeoTools是一个流行的Java库，它提供了对GeoJSON数据进行读取、写入和解析的功能，同时也支持3D地理数据。您可以使用GeoTools库来处理3D地理数据，包括将其转换为GeoJSON格式。