在Java中，使用File.exists()方法可以检查指定路径的文件或目录是否存在。这个方法并不涉及权限问题，只是简单地检查路径所指向的文件或目录是否存在。
如果在检查文件是否存在时遇到权限问题，可能是由于当前用户没有足够的权限来访问该文件或目录。这可能是由于文件或目录的权限设置或操作系统的权限设置所导致的。
如果遇到权限问题，通常会抛出SecurityException异常。在处理这种异常时，可以考虑使用File.canRead()、File.canWrite()等方法来检查当前用户对文件或目录的读写权限。另外，还可以使用File.setReadable()、File.setWritable()等方法来修改文件或目录的权限。
总之，File.exists()方法本身并不会解决权限问题，但可以作为检查文件或目录是否存在的一种简单方式。处理权限问题时，需要结合其他方法和适当的异常处理来解决。