在Debian系统中，优化PHP数据库查询的方法有很多。以下是一些建议：
选择合适的数据库引擎：根据你的需求选择合适的数据库引擎，例如MySQL、PostgreSQL或SQLite。不同的数据库引擎有不同的性能特点，选择合适的引擎可以提高查询效率。
使用预处理语句：预处理语句可以提高查询性能并防止SQL注入攻击。在PHP中，你可以使用PDO或MySQLi扩展来实现预处理语句。
优化查询语句：避免使用SELECT *，而是只查询需要的字段。尽量减少JOIN操作，特别是在大表之间进行JOIN操作时。使用LIMIT子句来限制返回的结果数量。
使用索引：为经常用于查询条件的字段创建索引，以提高查询速度。但要注意，索引会增加数据库的大小和维护成本，因此要谨慎使用。
缓存查询结果：对于不经常变动的数据，可以将查询结果缓存起来，以减少数据库的负载。在PHP中，你可以使用Memcached或Redis等扩展来实现缓存功能。
优化数据库配置：根据服务器的硬件资源和应用需求，调整数据库的配置参数，例如内存分配、连接数等。
使用持久连接：在PHP中，可以使用持久连接来减少数据库连接的建立和关闭次数，从而提高性能。但要注意，持久连接可能会导致数据库服务器资源耗尽，因此要谨慎使用。
分析和优化慢查询：使用慢查询日志来记录执行时间较长的查询语句，然后分析这些查询语句并进行优化。
升级硬件：如果数据库服务器的硬件资源不足，可以考虑升级硬件，例如增加内存、使用更快的磁盘等。
使用负载均衡和数据库复制：在高并发场景下，可以使用负载均衡和数据库复制来分散数据库的负载，提高性能。
总之，优化PHP数据库查询需要从多个方面进行考虑，结合实际情况进行调整。在进行优化时，建议先在测试环境中进行测试，以确保优化措施不会对应用程序产生负面影响。